El desarrollo portuario en el Ecuador es una labor conjunta entre autoridades marítimas, policiales, aduaneras, y las personas que operan en el transporte de mercancías y pasajeros. La complejidad de sus relaciones implica un control regulatorio acorde a la realidad portuaria y a las infracciones que acontecen en este sector. Al respecto es notable la incidencia de infracciones penales en puerto marítimo, mayormente delitos aduaneros, ambientales, relacionados con el tráfico de armas, municiones, y sustancias estupefacientes. El orden regulatorio actual no es ni medianamente eficiente para una efectiva labor de coordinación y control interinstitucional. En ocasiones este control es escasamente subsanado con mesas técnicas de cooperación interinstitucional como labor coordinada en Puertos.